BuildVuはメモリ内でファイルを変換できますか？

はい、できます。PDF to SVGおよびPDF to HTMLコンバーターは、どちらもJavaから実行 する際に、PDFファイルをbyte[]またはInputStreamとして受け取ることができます。

//SVG with byte[]
PDFtoSVGConverter converter = new PDFtoSVGConverter(pdfByteArray, outputDir, conversionOptions, viewerOptions);
//SVG with InputStream
PDFtoSVGConverter converter = new PDFtoSVGConverter(pdfInputStream, outputDir, conversionOptions, viewerOptions);

//HTML with byte[]
PDFtoHTML5Converter converter = new PDFtoHTML5Converter(pdfByteArray, outputDir, conversionOptions, viewerOptions);
//HTML with InputStream
PDFtoHTML5Converter converter = new PDFtoHTML5Converter(pdfInputStream, outputDir, conversionOptions, viewerOptions);

出力はメモリへのストリーム として設定することもできます。