ソフトウェアのバージョン番号はどこにありますか？

アクセス可能な public static 変数として PdfDecoder.version または PdfDecoderServer.version があります。

バージョン番号は、jar 内の Manifest.mf ファイルの Build-Number にも記載されています。

Viewer を使用している場合は、Help > About をクリックすることで確認できます。